Puskesmas Pekapuran Raya Banjarmasin didirikan pada tahun 1980an dan mulai digunakan pada tahun yang sama dengan menempati sebuah bangunan sederhana di Jalan Pinang Kelurahan Pekapuran Raya Banjarmasin, disamping mesjid Mubarakah yang berjarak ±500 m dari lokasi puskesmas saat ini. Pada saat itu Puskesmas Pekapuran Raya merupakan puskesmas pembantu dari Puskesmas Cempaka Putih (puskesmas induk kecamatan Banjarmasin Timur). Pada tahun 1990an, Pemerintah Kota Banjarmasin menetapkan Puskesmas Pekapuran Raya sebagai puskesmas induk dan terpisah dari Puskesmas Cempaka Putih. Sekitar tahun 1995 Puskesmas Pekapuran Raya pindah ke Gang Istiqomah Jalan Pekapuran Raya Nomor 1 RT. 19. Kemudian pada tahun 2010 Puskesmas Pekapuran Raya resmi menempati gedung baru yang terletak di Gang Istiqomah Jalan Pekapuran Raya Nomor 63 RT. 23 Banjarmasin. Bangunan puskesmas ini terdiri dari dua lantai dengan luas bangunan ± 210 m² dan luas tanah ±400 m²
Bangunan Puskesmas Pekapuran Raya terdiri dari 2 lantai. Lantai dasar digunakan untuk pelayanan dan lantai atas untuk kegiatan adminstrasi dan pertemuan.
Luas wilayah kerja Puskesmas Pekapuran Raya 0.96 Km2 yang mencakup 4.02 % wilayah Kecamatan Banjarmasin Timur. Wilayah kerja Puskesmas Pekapuran Raya terdiri dari 1 (Satu) Kelurahan, yaitu: Kelurahan Pekapuran Raya